几个月来，方舟子和崔永元的嘴仗是不断升级，如今，已经蔓延成一个法律问题。1月13日，方舟子发布微博称正式起诉崔永元侵害其名誉，索赔30万，要求其删除微博登报道歉。而近日，方舟子又在微博上质疑起崔永元的基金会。他表示：“中国红十字基金会是做慈善的，为什么以《口述历史》为主要项目的崔永元基金会能挂靠在它下面？”“我突然对崔永元的‘正常收入’很感兴趣。”1月13日晚上，两人在微博中展开了热烈的“攻势”，崔永元反击方舟子，称：“你的黑账敢不敢公开？”接着，方舟子回应道：“安保资金是网友们为保护我的人身安全筹集的私人资金，你有什么权利要求它公开？”

1月13日19点38分，崔永元在微博中反击方舟子，称：“肘子很下功夫研究我的基金，这就对了。研究完摸摸良心(不确定你是否有)，看看你的黑账敢不敢公开？”

随后，方舟子也在微博中回应崔永元，称：“崔永元公益基金是中国红十字基金会下的公募公益基金，人人有权要求其公开、透明、合理、合法，崔永元作为该基金代表必须回应合理的质疑，而不是谩骂。安保资金是网友们为保护我的人身安全筹集的私人资金，你有什么权利要求它公开？崔永元为什么对我的安保细节这么感兴趣？何况罗永浩当年诬告后，公安、税务都去查过账，没有发现任何问题。”

但方舟子的话语遭到网友的质疑，称：“你当时承诺是公开的，那你必须兑现承诺。”接着，方舟子再次发布微博，回应此事，称：“别胡说，安保资金筹集时就已说明了为避免泄露安保细节，不会公开账目。退一步说，就算我承诺过，我又不是资金管理人而是受益人，我的承诺顶个什么用？”